رنگ گنبدهای بارگاه معصومین (علیهم السلام) دلیل خاصی ندارد نه گنبد امام رضا (علیه السلام) از ابتدا زرد و طلائی بوده و نه گنبد پیامبر (صلی الله علیه وآله) از ابتدا سبز بوده است.
بنابر گزارش های تاریخی تا قبل سال 1233 در زمان سلطان محمود عثمانی، گنبد پیامبر(صلی الله علیه و آله) رنگ کبود داشت. و در زمان این پادشاه عثمانی گنبد جدیدی ساختند و رنگ آن را سبز کرده و به«قبه الخضراء» معروف شد. (1)
گنبد بارگاه دیگر معصومین(علیهم السلام) نیز همینطور، مثلا گنبد حضرت علی (علیه السلام) از ابتدا زرد و طلایی نبود. در زمان حمدانیان، هنگامیکه عبدالله بن حمدان ملقب به ابوالهیجاء گنبدی بر فراز حرم حضرت علی(علیه السلام) ساخت(2)قطعا طلایی نبود چون چنین امکاناتی نبود. اما نادرشاه در سال1156 قمری دستور داد تا گنبد را طلایی کنند.(3)
گنبد حرم مطهر امام رضا(علیه السلام) نیز از این امر مستثنی نیست، شاه عباس اول دستور داد گنبد آن حضرت را طلاکاری كنند. كار این کار در سال 1010 هجرى شروع و در سال 1016 هجرى پايان پذيرفت.(4)
بنابراین رنگ گنبدها هیچ دلیل خاصی ندارد بلکه به صورت سلیقه و امکاناتی که بانیان آن داشتهاست به شکل امروزی در آمدهاند.