در صورتی که پودوفیلین برای مدت طولانی روی مناطق وسیعی از پوست به کارگرفته شود یا در صورت استفاده روی زگیل های خونریزی دهنده یا زگیل های که به تازگی نمونه برداری شده اند، امکان مسمومیت سیستمیک باآن وجود دارد. مصرف موضعی همراه با پانسمان بسته، خطر بروز عوارض جانبی و جذب عمومی آن را افزایش می دهد.